Atleta cubano, recordista mundial en triple salto en los Juegos Deportivos Panamericanos de 1971 en Cali, Colombia, con registro de 17,40 metros.
Nació en Pinar del Río. En su niñez practicó varios deportes, principalmente baloncesto y voleibol. En 1967 representó a su provincia en los Juegos Deportivos Escolares Nacionales, en los que sus profesores lo inscribieron en las especialidades de salto de altura y salto de longitud. El comité organizador de los juegos no lo autorizó a competir en salto largo, y se inscribió en triple salto, especialidad para la que quedaban algunas vacantes. Alcanzó el primer lugar, y a partir de entonces comenzó la práctica sistemática de esa especialidad.
Posteriormente ingresó en la Escuela Superior de Perfeccionamiento Atlético (ESPA), bajo la égida del preparador soviético Leonid Chervakov -ex recordista mundial y subtitular en los Juegos Olímpicos de Helsinki, en 1952-, cuyas enseñanzas fueron de gran provecho para el joven triplista cubano.
El 10 de enero de 1970, Pérez Dueñas estableció el primero de sus tres récords mundiales juveniles, con registro de 16,38 metros, que fue también récord cubano absoluto. En el mismo año debutó en citas internacionales en los Juegos Centroamericanos y del Caribe de Panamá, donde logró la medalla de oro, con marca de 16,33 metros.
En 1971, en los VI Juegos Deportivos Panamericanos de Cali, Colombia, aunque no era el favorito para la medalla de oro, logró marcar 16,92 metros en su primer salto, a pesar de un ligero resbalón, y en finales alcanzó el sorprendente registro de 17,40 metros, récord mundial en el triple salto. Con esa marca se convirtió, además, en el primer atleta que implantaba en Juegos Deportivos Panamericanos una plusmarca del orbe.
Con el registro mundial en su poder, se preparó con esmero, participando en varios encuentros de atletismo, para los Juegos Olímpicos del siguiente año, en Munich. Comenzadas las competencias, Pérez Dueñas se resintió en la fase de clasificación de una lesión en una de sus piernas, que le imposibilitaba seguir en la lid. Finalmente se ubicó en el vigésimocuarto lugar, con un discreto salto de 15,72 metros.
Durante el año 1973 apenas pudo competir internacionalmente, y mucho menos alcanzar resultados notables. Un año más tarde, sin embargo, ya en plenitud de condiciones, formó parte de la delegación atlética cubana en los Juegos Centroamericanos y del Caribe de Santiago de los Caballeros, República Dominicana. Entonces repitió el triunfo de cuatro años atrás, con un registro de 17,1 metros. El registro mundial de Pedro Pérez Dueñas se mantuvo vigente durante más de cuatro años, hasta el 15 de octubre de 1975. En esa fecha, el brasileño Joao Carlos de Oliveira alcanzó un registro de 17,89 metros, para nuevo récord del orbe. La hazaña se produjo durante las competencias atléticas de los Juegos Deportivos Panamericanos de Ciudad de México, cita a la cual Pérez Dueñas no había concurrido por encontrarse lesionado.
Durante los Juegos Olímpicos de la ciudad canadiense de Montreal, en 1976, Pérez Dueñas, quien se había esmerado en su preparación física, sufrió otra lesión en su pierna, que una vez más le impidió competir por los primeros lugares. Terminó en el cuarto, con salto de 16,81 metros.
A mediados de la década de los años 70 comenzó a estudiar Medicina, continuando simultáneamente su actividad atlética. Se graduó como médico en 1980, y posteriormente se especializó en medicina deportiva.
Sus obligaciones estudiantiles, y las constantes lesiones por las que sufrió intervenciones quirúrgicas en ambas rodillas, influyeron en su decisión de retirarse en 1978.
Desde su retiro oficial, se desempeña como especialista en medicina deportiva dentro del Instituto Nacional de Educación Física y Deportes (INDER) de su país. Además, tiene responsabilidades en la Federación Cubana de Atletismo.