Historiador. Vinculado por lazos de consanguinidad a las más prestigiosas familias de la oligarquía habanera de la etapa. Considerado como el primer historiador de Cuba por muchos científicos, entre ellos Felipe Poey y Francisco Calcagno Monti.
Cursó sus primeros estudios en La Habana, continuándolos en México, donde estudió Leyes.
Su obra "Llave del Nuevo Mundo o antemural de las Indias Occidentales", publicada por primera vez por la Real Sociedad Patriótica de La Habana, lo sitúa como nuestro primer historiador en el tiempo y para algunos como el primero que se sintió cubano. Por heredad jurada fue regidor perpetuo del ayuntamiento desde 1734, y en 1752 alcalde ordinario.
Además, escribió poemas, una tragedia y un informe al Rey y a la Cámara de Castilla sobre la entrega de La Habana a los ingleses por Don Juan de Prado.
Durante el sitio de La Habana por los ingleses se destacó por sus eficientes servicios a España. Después que La Habana pasó de nuevo a la metrópolis española, formó parte del cabildo extraordinario del 2 de julio de 1763 para recaudar las deudas a S. M.
Su Llave del Nuevo Mundo, publicada por primera vez por la Real Sociedad Patriótica de La Habana en 1830, fue enriquecida por una segunda parte, aparecida en 1831, con las «Notas de la Comisión Especial de Redacción a la Historia de Arrate». Apareció editada nuevamente, por el doctor Rafael Cowley y D. Andrés Pego, con la misma introducción de la edición de 1830, en el primer tomo de Los tres primeros historiadores de la Isla de Cuba. Reproducción de las Historias de D. José Martín Félix de Arrate y D. Antonio José Valdés, y publicación de la inédita del Dr. D. Ignacio Urrutia y Montoya, adicionadas con multitud de notas y aumentadas con descripciones históricas de la mayor parte de las ciudades, villas y pueblos de esta Isla que en ellas se mencionan (La Habana, Imp. y Librería de Andrés Pego, 1876, p. I-516). Además de su Llave del Nuevo Mundo, que lo sitúa como nuestro primer historiador en el tiempo, escribió Arrate poemas, una tragedia titulada El segundo robo de Elena, la Novena al ínclito mártir San Ciriaco (Havana, Imp. de B. Blas de los Olivos, 1757), publicada por Manuel Pérez Beato, con una breve introducción, en Revista Bibliográfica Cubana (La Habana, 2 (7): 41-51, ene., feb. 1938), y un Informe al Rey y Cámara de Castilla sobre la entrega de La Habana por don Juan de Prado a los ingleses (1763), que probablemente esté conservado en el Archivo General de Indias.