Experimentó el uso social del prefabricado en la solución de viviendas rurales.

Se graduó en la Facultad de Arquitectura de la Universidad de La Habana en 1955. Hasta finales de la década trabajó con su colega Raúl González Romero. Obras de esa etapa son la casa de vivienda de las calles 1a y 60, de 1956, y la casa de Higinio Miguel (1958), ambas en Miramar, en las cuales se hace patente la voluntad de búsqueda del arquitecto en la elaboración de los detalles constructivos, en las piezas metálicas, en las carpinterías, en la propuesta del mobiliario, en la tamización de la luz exterior por medio de filtros y pantallas cromáticas, en la expresión de los materiales y en la intimidad de los espacios interiores.

Por esa época también trabajó en Estados Unidos junto a Ludwig Mies Van der Rohe y Phillip Johnson, dos grandes maestros del movimiento moderno, y recibió igualmente las influencias de Frank Lloyd Wright.

A partir de 1959 tuvo distintas responsabilidades. Fue director del Departamento de Diseño de la Facultad de Arquitectura de La Habana, en la Ciudad Universitaria José Antonio Echeverría (CUJAE) -actual Instituto Superior Politécnico José Antonio Echeverría (ISPJAE) . También dirigió el Departamento de Artes Plásticas del Ministerio de Cultura, y fue asesor y consejero ministerial de 1980 a 1992.

Fernando Salinas fue una figura relevante dentro del grupo de arquitectos que produjeron innovaciones en la Revolución Cubana. Según él mismo expresara: «la política se hace cultura consciente en el arte verdadero: cuando lo artístico se vuelve cotidiano para todos, es la revolución», y ese modo de pensar lo hizo extensivo a toda su obra.

Escribió artículos en los cuales volcaba sus ideas de avanzada, como «La arquitectura revolucionaria del Tercer Mundo», en que puso de manifiesto los lineamientos que siguió en los proyectos que realizó: «De los determinantes generales pueden derivarse algunos principios que definen la forma de la nueva arquitectura: el principio central de la economía, del cambio, del crecimiento, de la transformación, del mantenimiento económico y el de la flexibilidad».

Salinas puso en práctica ese principio en el proyecto de edificios prefabricados de vivienda que realizó en Tallapiedra, en la ciudad de La Habana, en 1960, y en el reparto Las Campanas, en Manicaragua, -antigua provincia de Las Villas- en 1962.

Dio los primeros pasos experimentales en el prefabricado en el Departamento de Investigaciones Técnicas del Ministerio de la Construcción (MICONS). El proyecto antes mencionado, que sirvió de modelo para los futuros planes de tipificación en que se empeñó, cubría una necesidad objetiva: albergar a un grupo de técnicos de una fábrica. El complejo habitacional constituyó una urbanización desarrollada alrededor de una vía axial. El proyecto arquitectónico pretendía obtener simplicidad y máxima flexibilidad en el interior de los apartamentos, utilizando tabiques transparentes con tablillas y paños ciegos que se alternan a lo largo de la superficie exterior, lo que también contribuyó a lograr visibilidad para el paisaje que rodea al complejo.

El tema de la vivienda progresiva con alta tecnología flexible, sobre el cual Salinas estuvo trabajando en la década del 60, culminó con el módulo experimental multiflex, empleado en el reparto Abel Santamaría, de la ciudad de La Habana. En 1964 realizó en El Calvario, en la misma ciudad, dependencias militares de gran influencia wrightniana.

Más tarde asumió la dirección del proyecto de la Ciudad Universitaria José Antonio Echeverría (CUJAE), a la partida de Humberto Alonso, su anterior proyectista. La tecnología utilizada en su ejecución fue de avanzada, con el sistema constructivo lift-slab y paneles ligeros de siporex, los cuales permitieron una trama abierta, enlazada por un sistema de puentes y galerías que vinculan los edificios entre sí. Los patios interiores y las áreas verdes flexibilizan el conjunto.

Otro proyecto de Salinas fue el edificio de la embajada de Cuba en México (1977). En él indagó una vez más sobre la cubanía, que expresó de forma simbólica en la construcción, e integró obras plásticas de artistas como Mariano Rodríguez y Luis Martínez Pedro para expresar imágenes de Cuba, su paisaje y colorido, el mar y el contexto visual de la sociedad revolucionaria. En la edificación es relevante la significación simbólica, trasmitida no solamente a través de las formas arquitectónicas, sino también mediante las obras plásticas.

En 1978 construyó en Cancún un monumento al héroe nacional cubano, José Martí, en colaboración con el poeta Roberto Fernández Retamar y el escultor José Delarra.

En 1985 fue presidente del jurado que eligió el proyecto ganador de la Plaza Mariana Grajales, en Guantánamo, en concurso nacional auspiciado por la Dirección Provincial de Cultura de Guantánamo y la Comisión de Desarrollo de la Escultura Monumentaria y Ambiental del Ministerio de Cultura.

En 1987 trabajó nuevamente junto a Delarra en el proyecto del Memorial Antonio Maceo, en El Cacahual, al sudoeste de La Habana. Este conjunto conforma un significativo sistema abierto y adecuadamente integrado al entorno rural.

En 1990 asumió la dirección del Departamento de Diseño Ambiental de la Unión de Escritores y Artistas de Cuba (UNEAC), en la cual se desempeñó hasta su muerte, ocurrida en La Habana el 25 de agosto de 1992.

Fernando Salinas fue ganador de varios concursos de la Unión Internacional de Arquitectos. En 1961 obtuvo premio en la VI Bienal de Arte de Sao Paulo, con un proyecto para un Centro Educacional de Nivel Primario y Secundario. En 1969, en Buenos Aires, Argentina, fue premiado su proyecto para la Unidad Vecinal La Demajagua. En 1975, en Madrid, se premió su trabajo «Viet Nam y la comunidad de emergencia», en el cual proponía un conjunto de viviendas progresivas transformables para la zona de My Lai, destruida por la guerra. En 1978, en México, obtuvo mención por el proyecto aplicado Diseño de Sistema de Instalación político-administrativa para el Poder Popular de Cuba.

Además de distinciones conferidas por el Estado y por instituciones cubanas, obtuvo la Orden Friedrich Schinkel de Alemania y el Galardón BAQ' 92 (Arquitecto de América) de la Unión de Arquitectos de Brasil. Se le confirió póstumamente por el Instituto Superior Politécnico José Antonio Echevarría, el título de Profesor de Profesores.