Jugador de Grandes Ligas en el campo corto que jugó ocho temporadas con los Brooklyn Dodgers (1956), Philadelphia Phillies (1957–1960), Detroit Tigers (1960–1963), y New York Mets (1963). Fernández intervino en 856 juegos de grandes ligas, 810 como shortstop. Registró 270 carreras, produjo 666 hits, y tuvo un promedio de .240.

Fernández comenzó su carrera como un brillante prospecto para los Brooklyn Dodgers pero no fue capaz de llegar al lineup con Pee Wee Reese en la posición del campo corto. El 5 de abril de 1957, los Dodgers cambiaron a Fernández a los Philadelphia Phillies por cinco jugadores (Ron Negray, el canadiense Tim Harkness, Elmer Valo, y Melvin Geho), más $75,000. Fernández hizo su primera aparición con el Filadelfia el 16 de abril de 1957. Fernández fue el shortstop regular de los Phillies por dos temporadas. En su primer año con los Phillies, Fernández produjo 131 hits para un promedio al bate de .262 y un average de .302 de llegar a bases. Se robó 18 bases, Fue el quinto mejor en la Liga Nacional. En 1958 se robó 12 bases, 9no lugar en la Liga Nacional. El promedio de bateo de Fernández cayó en las dos temporadas siguientes y vio limitar su tiempo en 1959, bateando .211.
En diciembre de 1959, los Phillies negociaron a Fernández con Detroit Tigers, donde fue el shortstop regular por tres temporadas de 1960 a 1962. En 1960, estuvo al frente de los shortstops de la liga americana con 34 errores; con un promedio de .947. En 1962, alcanzó un .960. Sorprendentemente, Fernández fue un gran bateador en 1962. Luego de seis temporadas en las que no bateó más de 6 home runs, Fernández bateó 20 home runs y 59 RBIs para los Tigers en 1962.
En mayo de 1963 pasó a New York Mets. Fernández jugó 58 juegos para los Mets en 1963 y luego fue cambiado a Chicago White Sox en Abril de 1964. Fernández no jugó para los Sox. Terminó su carrera jugando en Japón en 1965 para los Hanshin Tigers.

Luego de retirarse como deportista vendió durante años seguros de vida.