Nacido en Santiago de Cuba, fue hijo de Facundo Bacardí y Massó, comerciante de origen catalán que crearía la importante firma licorera Ron Bacardí —de la cual Emilio y sus hermanos fueron accionistas principales—, y de la santiaguera Amalia Moreau.

En 1852 su familia se trasladó a Barcelona, donde Emilio Bacardí realizó estudios primarios y de pintura. De regreso a su ciudad natal, recibió la segunda enseñanza en el colegio San José, aunque sin alcanzar nivel superior, pues debía emplear parte de su tiempo en las labores de la empresa paterna.

Mostró una temprana afición por la literatura; en 1867, el Liceo de Puerto Príncipe premió su memoria Conveniencia de reservar a la mujer ciertos trabajos.

Sus inquietudes políticas resultaron igualmente tempranas, primero en el movimiento reformista y, poco después, en las filas del independentismo, como participante en una frustrada conspiración que, tras el alzamiento del Diez de octubre de 1868, intentaba deponer al gobernador del Departamento Oriental.

Acusado de facilitar dinero y armas a los insurrectos, en 1876 fue condenado a cumplir prisión en Chafarinas.

Participó en la fundación del Partido Liberal Autonomista en Santiago de Cuba, pero también se involucró en las actividades conspirativas que culminaron en la Guerra Chiquita, por lo cual fue deportado nuevamente en 1879.

En 1896, una vez más, su activismo emancipador durante la Guerra de Independencia lo condujo a presidio –en esa ocasión en Ceuta-, bajo acusación de haber proporcionado armas a los patriotas. Su hijo Emilio —tenido de su primer matrimonio con María Lay—, alcanzaría el grado de coronel en el Ejército Libertador, como ayudante de Antonio Maceo durante la campaña invasora.

Tras el cese del dominio español, Emilio Bacardí fue designado alcalde de Santiago de Cuba, y elegido para el mismo cargo en 1901. Durante su activa gestión de gobierno creó, con la finalidad de conservar reliquias de la gesta libertadora, el museo que llevaría su nombre, así como una Academia de Bellas Artes y la biblioteca municipal —anexa al museo—, denominada Elvira Cape en honor a su esposa; obras todas financiadas en buena medida con su propio peculio.

También promovió el empleo femenino, ofreciendo trabajo en el Ayuntamiento santiaguero a mujeres que habían quedado viudas o huérfanas a consecuencia de la guerra recién concluida.

Electo senador en 1905, elaboró un proyecto de ley sobre accidentes de trabajo, y otro para que solo se tuviese como legalmente válido el matrimonio civil.

Al acontecer el levantamiento liberal de agosto de 1906, intentó sin éxito hallar una salida institucional al conflicto —mediante la renuncia de Tomás Estrada Palma y la elección de un sucesor por el Senado—, para evitar una nueva intervención norteamericana.

En años posteriores, retirado de la política, se dio a la creación de una numerosa obra histórica y literaria. En la primera se destacan sus Crónicas de Santiago de Cuba, en diez tomos, que compilan en forma de efemérides el acontecer —político, comercial, cultural, religioso, etc— de su ciudad natal, desde que fue fundada por Diego Velázquez en 1514, y hasta 1902.

También de carácter histórico son sus esbozos biográficos de los patriotas santiagueros Florencio Villanova y Pío Rosado, que publicó en 1920.

Cultivó varios géneros literarios como la crónica de viajes -en la que se destaca Hacia tierras viejas, recuento de sus viajes por Egipto y Palestina, en el cual muestra sus finas dotes de observador-, las narraciones para niños y el teatro.

Su drama El abismo fue puesto en escena en 1912 por la compañía de Virginia Fábregas, y publicado por la revista Cuba Contemporánea.

Sin embargo, como literato sobresale sobre todo por su novelística de carácter histórico; particularmente por Vía crucis -vívida estampa de los sacrificios y sufrimientos ocasionados por la Guerra de los Diez Años- y por Doña Guiomar, notable intento de recrear la atmósfera de envidias y conflictos cotidianos en que se desarrollaba la vida en Santiago de Cuba durante las primeras décadas de la villa.

En Doña Guiomar, Bacardí muestra notable capacidad para conseguir una ambientación verosímil y construye una atractiva trama, por más que en su desarrollo se permita, en ocasiones, apreciables libertades cronológicas.

Algunas de sus obras quedaron inéditas y se publicaron años después de su muerte. Así, Cuentos de todas las noches, para niños, y un enjundioso Epistolario, ambos editados por su hija y albacea literaria, Amalia, autora también de su biografía más completa.

Fue miembro de la Academia de la Historia de Cuba y de la Academia Nacional de Artes y Letras.

Falleció en Cuabitas el 28 de agosto de 1922.